на главную страницу
 > Обзоры > Visual Cloning 2000 > VC 2000 и Интернет.

Visual Cloning 2000 – работаем с Интернет.

Игорь Хмельков
Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE.

    Программа Visual Cloning 2000 позволяет строить геномные карты не только на основе нуклеотидных последовательностей и соответствующих априорных знаний, но и на основе информации из интернет, благодаря возможностям импорта данных.

    Попробуем получить из Интернет карту уже известной нам плазмиды pBR322 и сравнить ее с картой, которую мы построили сами.

    Нужно подключиться к Интернет, и затем запустить Visual Cloning. Нажмем кнопку "Internet" на вертикальной панели программы. Если у нас уже есть соединение с Интернет, то во встроенном браузере программы появится стартовая страница ResearchNet компании Redasoft.


    Reserchnet

    Кликнем на ссылке "National Center for Biotechnology Information". В браузер будет загружена главная страница NCBI. (В целях сокращения физического размера материалов мы будем показывать только верхнюю часть страницы там, где это возможно).


    NCBI

    Перейдем на страницу базы данных Entrez. В раскрывающемся списке после слова Search выберем опцию Nucleotide, а в строке поиска запишем "Cloning vector pBR322, complete genome" и нажмем на кнопку GO.


    Entrez

    Если мы нигде не ошиблись, то результат поиска будет всего один – запись с кодом J01749 – это описание искомой последовательности, кликнем на ссылке и получим это описание.


    Загрузка последовательности J01749

    Убедимся, что это то, что нам нужно и нажмем на клавишу "Import" на верхней панели инструментов VC. Появится окно мастера создания новой карты, где нужно нажать на клавишу "Готово". Программа построит нам карту.


    Карта, построенная автоматически

    Видно, что схема перегружена деталями, поэтому удалим некоторые маркеры (главным образом, misc_binding и misc_feature).


    Отредактированная карта pBR322

    Видно, что геномная карта, описание которой импортировано из Интернет, в значительной степени соответствует карте, построенной на основе "чистой" последовательности.


Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE;
"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru;
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100