на главную страницу
 > Обзоры > Vector NTI > Vector NTI и Интернет.

Инструменты Vector NTI и Интернет.

Игорь Хмельков
Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE.

    В настоящем разделе описываются некоторые варианты использования инструментов, входящих в состав Vector NTI Suite, усиленных возможностями Интернет (публичных Интернет-сервисов).

    Определим задачу...

    Наша задача – сформировать информационный запрос средствами Vector NTI и адресовать его некоторым публичным WWW-серверам, попрактиковаться в поиске информации с помощью системы BLAST, познакомится с анализом и выравниванием последовательностей.

    Замечание: для выполнения задачи необходимо, чтобы на компьютере был установлен Интернет-browser (лучше MS Explorer или Netscape Navigator) и сам компьютер был подключен к Интернет.

    Подготовим запрос...

    Откроем Database Explorer и в базе DNA/RNA Molecules (MAIN) найдем молекулу pBR322. Двойной клик мышки на названии молекулы приведет к открытию Molecule Display window для pBR322.

    Панель выбора последовательности

    Сделаем Display window активным (однократный клик в любом месте окна). В меню Tools выберем команду Compare Against / GenBank via BLAST on NCBI Server. В результате откроется диалоговая панель Sequence Data, позволяющая указать какую часть молекулы (всю молекулу) мы включаем в запрос, и выбрать прямую или комплементарную цепь.

    По умолчанию будет выбрана вся молекула/прямая цепь. Оставим этот выбор без изменений.

    Если мы впервые запускаем ту или иную команду, связанную с Интернет, Vector NTI пытается сконфигурировать обмен данными с Web-браузером. В появившемся окне необходимо будет выбрать тип используемого браузера и нажать на клавишу ОК.

    В стандартной поставке Vector NTI поддерживаются практически все популярные модели браузеров, если же нашей модели нет в списке, следует попробовать команду "Autodetect". Последние обновления для поддержки браузеров доступны на сайте компании-разработчика http://www.informaxinc.com.

    Вообще, перед тем как начать работу с Vector NTI и Интернет, рекомендуется запустить браузер.

    Предложим наш запрос серверу...

    Vector NTI откроет в Web-браузере форму запроса, сформированную для BLAST Search сервера. Эта форма – шлюз между Vector NTI и BLAST Search сервером, она содержит опции, позволяющие нам настроить различные параметры поиска в BLAST.


    Настройка Blast-запроса

    В секции Database необходимо выбрать базу данных "vector".Выбор параметра -ВЕКТОР- Обратим внимание, что последовательность прямой цепи pBR322 уже введена в поле запроса. Нажмём клавишу Search.

    Если компьютер до этого шага не был подключен к Интернет, появится соответствующее окно или запустится программа "дозвона", обеспечивающая соединение с Интернет через модем и телефонную линию. Для последующей работы соединение с Интернет необходимо!

    Когда связь с сервером NCBI будет установлена, браузер отправит наш запрос серверу и будет находится в состоянии ожидания ответа пока результат запроса не будет возвращен браузеру. Время ожидания варьируется в зависимости от загруженности сервера.

    Если в ответ на наш запрос мы получим сообщение об ошибке, необходимо вернуться к форме запроса и кликнуть на ссылке BLAST search using sequence data. В ответ мы с большой вероятностью получим информацию о возможностях работы с сервером. Если сервер занят, необходимо повторить запрос через некоторое время.

    Следует также учитывать, что интерфейс сервера может время от времени меняться, мы можем получить сообщение о том, что запрашиваемый ресурс не найден. Это значит, что шлюз программы Vector NTI к данному ресурсу мягко выражаясь, устарел. Обновленную версию следует поискать на сервере разработчиков программы.

    Если описанных проблем не возникло, сервер уведомит нас о постановке нашего запроса в очередь и предложит некоторое время подождать.


    Ответ сервера NCBI

    По истечении времени, указанного в ответе сервера необходимо нажать на клавишу Format. Когда будет получен долгожданный ответ от BLAST сервера, кликнем на второй молекуле (первой будет собственно pBR322, а второй U03501/YRP7). Откроется новая страница с описанием молекулы в формате GenBank.


    Выбор молекулы U03501/YRp7

    Посмотрим ответ в Document window...

    Для того, чтобы загрузить результаты поиска в программу Vector NTI следует выделить всю информацию, представленную в окне браузера, командой Select All из меню Edit. Иногда помогает сочетание клавиш Ctrl+A. Далее необходимо выбрать команду Copy из того же меню (или воспользоваться сочетанием Ctrl+V). Не стоит переживать о том, что в копируемую информацию попадет что-то лишнее, Vector NTI проигнорирует все, что находится выше линии начала данных GenBank (линия LOCUS) и, все, что находится ниже концевой линии (//). Откроем рабочее пространство Vector NTI и из меню Tools выберем команду Open / GenBank From Clipboard. Программа откроет молекулу в новом Display window, автоматически сгенерирует карту рестрикции и графическое представление нашей молекулы.


    NCBI представление вектора YRp7

    skip........

    NCBI представление вектора YRp7

    Используем альтернативный путь импорта данных...

    Существует другой путь передать данные от сервера NCBI в программу Vector NTI. Для того чтобы им воспользоваться нажмём на клавише Save в панели инструментов NCBI сервера. В появившемся окне выберем опцию Open this file from its current location.


    Загрузка молекулы непосредственно из броузера

    В результате в Vector NTI откроется уже знакомое нам Display window с информацией о новой молекуле.


    Представление молекулы в Vector NTI

    Займемся выравниванием и анализом...

    В стандартную поставку Vector NTI включено несколько инструментов для выравнивания и анализа последовательностей. Для проведения выравнивания откроем Database explorer и выберем базу данных белковых молекул (Protein Molecules (MAIN)).

    Удерживая в нажатом состоянии клавишу Sift, выберем молекулы 41BB_HUMAN и 41BB_MOUSE, далее в меню Align (Database explorer) выберем команду Multiple Sequences on BCM Server.

    Vector NTI вызовет браузер и сформирует страницу запроса для BCM, содержащую последовательности указанных белков в формате FASTA.


    Страница запроса BCM сервера

    Нажмём на клавишу Submit, по умолчанию начнется ClustalW-выравнивание. Если BCM сервер не слишком загружен, ответ будет получен в течение 5 – 10 секунд.


    Странца результатов

    Попробуем теперь выполнить анализ белков с помошью программы ProtScale, работающей на сервере ExPASy в Швейцарии. Вернемся к панелям Database Explorer и выделим молекулу 41_HUMAN. В меню Analyze (Database Explorer) выберем команду Protein Scales (hydrophobicity etc.) via ProtScale on ExPASy Server.


    Страница запроса ExPASy сервера

    Также как и в предыдущих вариантах Vector NTI сформирует страницу запроса к серверу. Опустимся в конец страницы и нажмём на клавишу Submit. По умолчанию будет выполнен hydrophobicity / Kyte & Doolitle анализ. Если позволит загрузка сервера ответ мы получим в течение 2 – 5 секунд.

    В ответе сервера будет представлена как тестовая, так и графическая информация (в нижней части страницы).

    Странца результатов

    так и графическая информация (в нижней части страницы).

    Странца результатов

    Сохраним результаты поиска в комментариях...

    Vector NTI позволяет нам ассоциировать любые текстовые данные с каким либо объектом базы данных используя поле комментариев. Попробуем выполнить поиск в базе данных PROSITE и сохранить результаты в нашей базе данных для последующего использования.

    Активируем Database Explorer и выделим молекулу 41_HUMAN. В меню Tools выберем команду Compare Against / PROSITE Database via ScanProsite on ExPASy Server. В результате в браузере будет сформирована страница ScanProsite. Нажмём на клавишу Start The Scan.


    Страница запроса PROSITE ExPASy сервера

    Когда получим ответ от сервера, выделим мышкой предложенные сервером варианты (последовательность выделять не следует – она уже есть в нашей базе данных). Скопируем выделенный фрагмент (Copy в меню Edit браузера или комбинация Ctrl+C).


    Странца результатов

    Вернемся к Database Explorer, молекула 41_HUMAN должна быть выделена. Выберем команду Edit из меню Protein. Кликнем мышкой на вкладке Comments.

    В открывшемся окне установим курсор (однократный клик) в конце имеющегося текста и выполним команду Ctrl+V. Выделенный фрагмент добавится к комментариям. Возможно, потребуется потратить некоторое время на форматирование комментариев.


    Сохранение результатов

    По окончании нажмём на клавишу ОК. Результат сохранится в базу данных. Если теперь открыть Display Window для нашей молекулы, в окне Comments сможем найти вставленный нами фрагмент текста.


Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE;
"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru;
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100