Vector NTI Suite – это достаточно удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей. Инструменты разработаны компанией InfoMax Inc. для специалистов в области молекулярной биологии и позволяют изучать, визуализировать, манипулировать, конструировать биологические молекулы, а также хранить и предоставлять доступ к информации об этих молекулах.

При помощи инструментов Vector NTI Suite можно делать следующее:

• Легко ориентироваться, осуществлять поиск в базе данных молекул и энзимов;
• Разрабатывать стратегию рекомбинации и соответствующие протоколы;
• Симулировать гель-электрофорез, анализировать результаты эксперимента;
• Анализировать и манипулировать ДНК, РНК и белковыми молекулами;
• Создавать или импортировать молекулы, энзимы, олигонуклеотиды, добавлять описание и дополнительную информацию;

Vector NTI позволяет генерировать протоколы для клонирования и амплификации, разрабатывать пробы и праймеры, расcчитывать фрагменты рестрикции и симулировать гель-электрофорез. Приложения Vector NTI Suite обеспечивают молекулярный анализ, выравнивание и сборку последовательностей из фрагментов.

Краткая характеристика приложений Vector NTI Suite

Все перечисленные приложения за некоторым исключением могут быть запущены тремя различными способами:

1. Через меню программ Windows (При инсталляции Vector NTI Suite создает одноименную папку программ).
2. Через специальную утилиту из папки программ – Tools Manager. Все приложения здесь разбиты на четыре группы – Анализ, Выравнивание, Сборка, Инструменты. Утилита позволяет просмотреть краткую информацию о приложении и запустить его с определенными параметрами.
3. Из меню программы Vector NTI.

К базовым приложениям Vector NTI Suite следует отнести следующие программы и инструменты:

• Основная программа Vector NTI (Графическая оболочка для работы с базой данных, молекулами, гель-электрофорезом, обеспечивающая интеграцию на уровне данных с другими приложениями Vector NTI Suite);
• 3Dmol - приложение, позволяющее эффективно визуализировать и манипулировать 3х-мерными молекулярными структурами, описанными в стандарте Protein Data Bank (программа по функциям близка к Rasmol);
• AlignX – программа для выравнивания последовательностей (множествен.), позволяющая работать как с протеинами, так и с нуклеиновыми кислотами. AlignX читает все стандартные текстовые форматы, например FASTA, GenBank, EMBL, SWISS-PROT, GenPept и ASCII- текст;
• AlignX Blocks – программа для определение положения, анализа и редактирования блоков из найденных подобий среди множества белковых последовательностей;
• BioPlot – набор инструментов для анализа последовательностей белков и нуклеиновых кислот, предоставляющих более пятидесяти различных предопределенных градаций для анализа белковых последовательностей (ProtScale-анализ), связанных с картой свойств и последовательностью аминокислот. BioPlot позволяет выполнять восемь различных видов анализа нуклеиновых кислот, среди которых анализ: температуры плавления, свободной энергии, энталпии, энтропии, содержания GC;
• ContigExpress – программа для манипулирования и сборки множества небольших фрагментов, как текстовых последовательностей, так и хроматограмм с автоматического секвенатора, в длинные последовательности;
• GCG Converter – инструмент в составе Vector NTI Suite, который преобразует последовательности в файл формата GCG, так чтобы их можно было импортировать в Suite;
• PubMed/Entrez Search – это поисковый механизм для поиска (и извлечения) цитат и молекул из публичных баз данных, таких как PubMed, GenBank и Protein DataBank. Результаты поиска могут быть импортированы другими приложениями Vector NTI Suite.

В состав Vector NTI Suite входит также приложение для управления регистрацией и лицензиями (License Manager) на все инструменты Vector NTI Suite.