на главную страницу
 > Обзоры > Vector NTI > Состав программы.

Приложения в составе Vector NTI Suite.

Игорь Хмельков
Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE.

    Vector NTI Suite – это достаточно удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей. Инструменты разработаны компанией InfoMax Inc. для специалистов в области молекулярной биологии и позволяют изучать, визуализировать, манипулировать, конструировать биологические молекулы, а также хранить и предоставлять доступ к информации об этих молекулах.

    При помощи инструментов Vector NTI Suite можно делать следующее:

    • Легко ориентироваться, осуществлять поиск в базе данных молекул и энзимов;
    • Разрабатывать стратегию рекомбинации и соответствующие протоколы;
    • Симулировать гель-электрофорез, анализировать результаты эксперимента;
    • Анализировать и манипулировать ДНК, РНК и белковыми молекулами;
    • Создавать или импортировать молекулы, энзимы, олигонуклеотиды, добавлять описание и дополнительную информацию;

    Vector NTI позволяет генерировать протоколы для клонирования и амплификации, разрабатывать пробы и праймеры, расcчитывать фрагменты рестрикции и симулировать гель-электрофорез. Приложения Vector NTI Suite обеспечивают молекулярный анализ, выравнивание и сборку последовательностей из фрагментов.

    Краткая характеристика приложений Vector NTI Suite

    Все перечисленные приложения за некоторым исключением могут быть запущены тремя различными способами:

    1. Через меню программ Windows (При инсталляции Vector NTI Suite создает одноименную папку программ).
    2. Через специальную утилиту из папки программ – Tools Manager. Все приложения здесь разбиты на четыре группы – Анализ, Выравнивание, Сборка, Инструменты. Утилита позволяет просмотреть краткую информацию о приложении и запустить его с определенными параметрами.
    3. Из меню программы Vector NTI.

    К базовым приложениям Vector NTI Suite следует отнести следующие программы и инструменты:

    • Основная программа Vector NTI (Графическая оболочка для работы с базой данных, молекулами, гель-электрофорезом, обеспечивающая интеграцию на уровне данных с другими приложениями Vector NTI Suite);
    • 3Dmol - приложение, позволяющее эффективно визуализировать и манипулировать 3х-мерными молекулярными структурами, описанными в стандарте Protein Data Bank (программа по функциям близка к Rasmol);
    • AlignX – программа для выравнивания последовательностей (множествен.), позволяющая работать как с протеинами, так и с нуклеиновыми кислотами. AlignX читает все стандартные текстовые форматы, например FASTA, GenBank, EMBL, SWISS-PROT, GenPept и ASCII- текст;
    • AlignX Blocks – программа для определение положения, анализа и редактирования блоков из найденных подобий среди множества белковых последовательностей;
    • BioPlot – набор инструментов для анализа последовательностей белков и нуклеиновых кислот, предоставляющих более пятидесяти различных предопределенных градаций для анализа белковых последовательностей (ProtScale-анализ), связанных с картой свойств и последовательностью аминокислот. BioPlot позволяет выполнять восемь различных видов анализа нуклеиновых кислот, среди которых анализ: температуры плавления, свободной энергии, энталпии, энтропии, содержания GC;
    • ContigExpress – программа для манипулирования и сборки множества небольших фрагментов, как текстовых последовательностей, так и хроматограмм с автоматического секвенатора, в длинные последовательности;
    • GCG Converter – инструмент в составе Vector NTI Suite, который преобразует последовательности в файл формата GCG, так чтобы их можно было импортировать в Suite;
    • PubMed/Entrez Search – это поисковый механизм для поиска (и извлечения) цитат и молекул из публичных баз данных, таких как PubMed, GenBank и Protein DataBank. Результаты поиска могут быть импортированы другими приложениями Vector NTI Suite.

    В состав Vector NTI Suite входит также приложение для управления регистрацией и лицензиями (License Manager) на все инструменты Vector NTI Suite.


Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE;
"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru;
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100