на главную страницу
 > Обзоры > Полезные программы для персонального компьютера.

Программы которые хорошо бы иметь молекулярному биологу на персональном компьютере.

Офисные и организационные программы
Работа с текстом
Раз уж зашла речь о заменах стандартных Microsoft программ
Работа с таблицами
Работа с изображениями
Перевод
Пароли и секреты
Интернет
Броузеры
"Качалки"
"Web-паук"
[18] Acrobat Reader
HTML - кодирование
Биологические ресурсы
Благодарности
Вопросы людям знающим
Дополнения и ответы людей знающих

Авторы:
Алексей Солдатов,
savromat,
Андрей Быстритский,
Денис Ларкин,
Константин Муранов,
Илья Серебрийский,
Александр Принц,
Кирилл Кашкин
Дмитрий Купраш
andrei jadan
Александр Мишарин
SashaSidorov



Эпиграф:
Посвящается всем тем, кто своими вопросами заставил меня думать, что я разбираюсь в этом деле.
А.С.

    Когда несколько лет назад в лаборатории появился компьютер, выяснилось, что не слишком понятно, какие собственно программы можно/стоит на нём устанавливать. Я уверен что и сегодня мой обзор неполон, поэтому вместе со статьёй открываю на форуме тему "ПК-программы для молекулярного биолога". Заранее благодарен всем, кто поможет прояснить этот вопрос. Итак, я пишу только о тех программах в полезности которых убедился на собственном опыте.

    Офисные и организационные программы

    Работа с текстом

    [01]

    Microsoft®Word - (сейчас доступен Microsoft®Word 2000) фактически все тексты набиваются в нём. Вряд ли имеет смысл рассказывать о достоинствах.

    Кроме того.

    [02]

    Имеет смысл заменить стандартный блокнот "Notepad" программой "Bred" (сейчас доступна веpсия 2.1.7). Программа совсем небольшая. Если в двух словах: блокнот просто очень неудобен, достаточно один раз попробовать пользоваться "Bred" и даже самый неприхотливый пользователь никогда впредь не откроет "Notepad". Инсталляция простая и подробно описана.

    Наиболее любимые мной достоинства: (i) перенос текста мышкой; (ii) работает Ctrl-A; (iii) неограниченный "Undo"; (iv) русский текст можно одним кликом превратить в "транслит" (печатанье на "транслите" снижает грамотность с потрясающей скоростью, очень быстро начинают появляться перлы типа "ето" или "есче"). Подробнее - цитата с сайта создателей программы:

    • Работа с OEM (MsDos,866) текстами, непосредственно или с перекодировкой. Поддержка KOI8 без перекодировки, специально для HTML-дизайна.
    • Нет лимита текста (у блокнота - меньше 64К).
    • Конвертирование текстов.
    • Таблица ASCII.
    • Автодетект кодировок.
    • Панель инструментов.
    • Выбор шрифта, цвета текста и фона.
    • Выравнивание текста.
    • Перенос текста мышкой.
    • Подсветка HTML.
    • Кнопка "Выполнить".
    • И многое другое.

    Работа с кириллическими шрифтами заставляет внести в список ещё пару программ:

    [03]

    Программа Евгения Голомина "Опечатка" (сейчас доступна версия 2.6). Рекомендую очень, для меня это просто спасение. Вызывается "горячей клавишей" практически из любой программы.

    Из описания: "Программка для быстрого переправления текста, ошибочно набранного в другой клавиатурной раскладке. Под Windows 95/98/NT 4/2000. Детали: Лично меня достало набирать что-то вроде "Здравствуй, Петя", не глядя на монитор, а потом с ужасом обнаруживать, что я на самом деле набрал "Plhfdcndeq? Gtnz" или "зДРАВСТВУЙ, пЕТЯ!" Это и сподвигнуло меня написать эту программку."

    NB! Специально для тех, у кого раскладка клавиатуры не английская: не слишком сложно переделать всего один файл для "вашей национальной раскладки".

    [04]

    Тем, кто получает много электронных писем, причём часто нечитаемых полезно иметь "Mail Reader" (сейчас доступна версия 1.53). Из описания: "При передаче русского письма по системам электронной почты его текст может быть в той или иной степени испорчен, при этом адресат, как правило, уже не способен самостоятельно расшифровать полученное письмо. "Mail Reader", основанный на лингвистических технологиях АО Агама, позволяет возвращать подобные сообщения к читаемому виду даже в достаточно сложных случаях."


    Ссылки на web-сайты, описывающие русификацию компьютера уже давно лежат на "рактической Молекулярной Биологии".

    Раз уж зашла речь о заменах стандартных Microsoft программ.

    [05]

    Необходимо упомянуть о "Windows Commander" (сейчас доступна версия 4.51). Программа безусловно удобнее, чем "Explorer". Преимущества, наиболее часто используемые мной: встроенные архиваторы (архивирование/разархивирование выполняется так же просто как копирование фалов); гораздо удобнее просмотр файлов; есть возможность генерировать списки директорий и файлов; есть возможность сравнивать директории и всё это лишь верхушка айсберга. На сайте создателей можно взять русификатор программы.

    [06]

    Да, несмотря на наличие архиваторов в "Windows Commander" "WinZip" программу (сейчас доступна версия 8.0) всё же иметь стоит. Иногда она удобнее.

    Работа с таблицами:

    [07]

    Microsoft®Excel (сейчас доступна версия Microsoft®Excel 2000) - Вряд ли имеет смысл рассказывать о достоинствах.

    Работа с изображениями:

    [08]

    Просмотр, распечатка, поиск, мелкое редактирование: несомненно "ACDSee" (сейчас доступна версия 3.1).

    Это уже стандарт: "быстрый, мощный и удобный просмотрщик изображений для Windows. ACDSee включает в себя несколько инструментов. Полноценный просмотрщик (Viewer) быстро выводит изображения высшего качества. Броузер (Browser) позволяет производить быстрый поиск и организовать систему хранения изображений. Кроме того в ACDSee имеется несколько функций обработки изображений, в том числе удобный Photo Enhancer." Кстати, этот текст из русского Help'а к программе. Он взят с сайта НПП "Ноотехника", с которого можно скачать русификацию Help'ов для целого списка программ. Очень полезное место, очень рекомендую.

    [09]

    Векторная графика - "Corel Draw" (сейчас доступна версия Corel Draw®10) (Кстати, если требуется распечатать большой постер на куче "маленьких листов A4", то Corel Draw автоматически организует разбивку.

    [10]

    Точечная графика - "Photoshop" (сейчас доступна версия Photoshop®6.0 ).

    [11]

    Создание слайдов и презентаций - Microsoft®PowerPoint (сейчас доступна версия Microsoft®PowerPoint2000).

    [12]

    Ввод текстов со сканера - "FineReader" (сейчас доступна версия 5.0).

    Перевод.

    [13]

    Я пробовал пользоваться "Системами профессионального перевода" но ничего путного из этого никогда не выходило. Реальную (и огромную) пользу приносит лишь "Lingvo" (сейчас доступна версия 6.5). Это очень удобный профессионально сделанный электронный словарь, его можно вызвать "горячей клавишей" практически из любой программы. Когда готовил текст обнаружил, что авторы сделали эту программу доступной онлайн. Молодцы!

    Пароли и секреты.

    [14]

    Очень удобная программа "PTS StrongDisk" (сейчас доступна версия 2.8). Она позволяет хранить секретные данные на защищённом локальном (виртуальном) диске. Очень удобно для хранения всех своих паролей (и телефонов :)). Достаточно помнить только один пароль для "StrongDisk", остальные можно держать в текстовом файле на виртуальном диске.

    Интернет.

    Броузеры.

    [15]

    На сегодня стандарты: "Netscape Navigator" (сейчас доступна версия 4.76) и "Internet Explorer" (сейчас доступна версия 5.5). Обе эти программы бесплатны.

    Когда я ещё не имел никакого представления о HTML-кодировании, я не ощущал каких либо серьёзных различий между ними. Когда мы начали делать сайт я прямо таки проклял существование Netscape Navigator. Это горькая шутка. Если серьёзно, то Internet Explorer действительно гораздо лучше. Например, если придётся копировать что либо из интернета в MS Word, о сравнении броузеров даже говорить неловко.

    Единственное, что можно добавить, судя по статистике обращений примерно 3% наших посетителей имеют IE или NN 3.xx или древнее, вот их точно следует обновить - не пожалеете.

    Пожалуй уже стоит добавить к стандартному списку "Opera" (сейчас доступна версия 4.02) - вполне удобный броузер; говорят, что на слабых машинах он существенно лучше Internet Explorer. Я сам пользовался совсем недолго, ничего плохого сказать не могу. Help - НПП "Ноотехника" .

    "Качалки"

    [16]

    Это действительно полезные программы. Они разбивают скачиваемый файл на несколько частей и принимают их одновременно, сами восстанавливают прерванное соединение, разыскивают наиболее удобные зеркала сайтов, проводят скачивание в заданное время (например ночью, когда связь лучше). Даже при отличной связи они очень удобны. При плохой - просто необходимы. Я пользовался "FlashGet" (сейчас доступна версия 0.91) и "Go!Zilla" (сейчас доступна версия 3.91). Особой функциональной разницы между ними не заметил. Мне чуть больше нравится "FlashGet", но вполне возможно, что только из за того, что "Go!Zilla" на мой вкус какая-то уж слишком цветистая. Русификацию и Help для этих программ можно взять на уже упоминавшемся НПП "Ноотехника".

    "Web-паук"

    [17]

    Иногда гораздо удобнее скачать сайт (или его часть) целиком и работать с ним на локальной машине (например на сайте выложена книга и нет никакой охоты ждать загрузки каждой страницы по отдельности). Я знаком только с одной (зато удобной) программой для таких работ: "Teleport Pro" (сейчас доступна версия 1.29). Русификацию можно забрать на RuSOFT (кстати, там рядом с меню навигации размещены ссылки на те сайты, которые всерьёз занимаются русификацией программ).

    Кстати, о книгах. "Genes" Lewin с помощью Teleport Pro не возьмёшь. Там страницы генерируются скриптом. А жаль. Кто бы умный что придумал...

    [18]

    Для чтения *.pdf файлов (стандартный формат представления документов в интернет) надо иметь по крайней мере "Acrobat Reader" - бесплатная программа (сейчас доступна версия 4.0).

    HTML - кодирование (нужно только тем, кто готовит страницы/сайты для web).

    Совсем простое кодирование: уже упоминавшийся "Bred".

    [19]

    Серьёзное: "HomeSite" (сейчас доступна версия 4.5.1) (я мельком видел бесплатный "1st Page" (сейчас доступна версия 1st Page 2000); первое впечатление, что это копия HomeSite, только бесплатная...).

    Биологические ресурсы.

    [20]

    Напоминаю, что я не касаюсь здесь ресурсов интернет. Речь идёт лишь о том, что можно установить на собственном компьютере.

    Для меня речь идёт о двух типах программ: (i) для работы с "биологическими" изображениями (автографы, гели), (ii) для молекулярного клонирования. Я хорошо помню, что когда у нас вообще ничего не было, то даже программа "Gel", в которую надо было вручную вводить расстояния прошедшие фрагментами в геле очень сильно помогала. Так что я напишу о всём, что знаю, а вы уж сами смотрите.

    Для анализа изображений я пользуюсь программами от Raytest. Для более простых анализов: Tina (на сколько я знаю она не защищена никакими паролями); для более сложных (например, анализ изображений на микроматрицах) - пакетом AIDA.

    "Oligo" - (сейчас доступна версия 6.42) вполне удобная программа для подбора праймеров для PCR. Сейчас эта программа платная. В России по рукам бродит достаточно много открытых программ.

    "PCgene" - пакет программ для генной инженерии и молекулярной биологии. Анализ нуклеиновых кислот и белков. Сейчас выпускается как "OMIGA" (сейчас доступна версия 2.0) платная. Опять таки, можно найти открытые программы.

    "Vector NTI" - (сейчас доступна версия Vector NTI Suite 7.0) очень хороший пакет программ для генной инженерии и молекулярной биологии. Анализ нуклеиновых кислот и белков. Удобно, красиво, кто попользовался - хочет ещё. Единственная проблема - дорого. В утешение могу во-первых, сослаться на сайт, где описывается, как открывать demo-версии программ на примере "Vector NTI Demo"; а во вторых сказать, что по рукам бродят открытые 4-, 5- и 6- версии. Ищите, спрашивайте - наверняка найдёте. Здесь, на сайте имеется русскоязычное описание части функций программы.

    "Current Protocols on CD ROM" - очень хороший (пожалуй даже лучший, чем "Маниатис") сборник протоколов с пояснениями. Недостаток обычный: высокая цена. Впрочем, если у кого есть иностранные друзья когда либо выписывавшие диск: достаточно установить локальное время на компьютере в допустимом интервале и диском можно пользоваться и после истечения срока действия.

    Благодарности.

    Огромное спасибо за информацию и подробные разъяснения Алексею Краснову, Максиму Пустовойтову.

    В заключении хочется задать вопросы людям знающим

    Обработка изображений.

    Сейчас цены на сканеры и простые камеры для компьютера упали до вполне приемлемого уровня. Было бы здорово иметь возможность:

    • проводить денситометрический анализ отсканированных автографов;
    • фотографировать гели и анализировать размер фрагментов.

    Если кто-нибудь может посоветовать, где можно взять бесплатные, открытые или недорогие программы для этих работ, будьте такими добрыми - напишите.

    "Reference manager"

    У меня скопилась большая куча ссылок и похоже, что надо выбрать какую то "Reference manager" программу. Я никогда ничем не пользовался. Может ли кто нибудь посоветовать что наиболее удобно?

    Что ещё?

    Какие ещё существуют биологические программы заслуживающие того, чтобы держать из на собственном компьютере?

    Ответы и дополнения от людей знающих
    (к сожалению, для некоторыь знаю только ники, с удовольствием заменю на имена)

    savromat:

    По поводу полезных программ... Рекомендую иметь (кроме вышеперечисленных на сайте).

    1) Origin - это графический редактор для построения графиков, подгонки-анализа кривых, статобработки. Сайт www.microcal.com. Пользуюсь ею давно, с 1992г начиная с версии 1.6, сейчас в сети доступна версия 6 (искать на ftpsearch). Программа ЛУЧШЕ НАПИСАНА И БЫСТРЕЕ РАБОТАЕТ чем SigmaPlot, Kaleidagraf, Statistika, Exel. Я перепробовал для собственной работы все эти программы для построения 2х- и 3х- мерных графиков и довольно сложного анализа (вычитание кривых. сглаживание, фурье, подгонка-разложение пиков, статистика). Origin "сьедает" -импортирует файлы Exel, Sigmaplot, Kaleida, и прочая, прочая... Для продвинутых пользователей в программе есть свой язык для написания скриптов, весьма эффективный.

    2) Кроме Origin советую поиметь Reference Manager, но не ProCite. Эти продукты (демки) можно скачать с www.risinc.com. Пользуюсь программой давно, с 1994 года, уже не помню что такое карточки с литературой и забыл когда последний раз набивал вручную список литературы. Что делает прога: заходите в MedLine, отбираете нужную вам литературу, загружаете ее с абстрактами и ключ-ми словами в формате для reference manager program (это простой ASCII файл) и загружаете файл в RefMan. Далее читаете все что хотите в программе. Работая в Word-e просто пишете нужное слово или автора, выделяете его и жмете Alt/1 - откравается база RefMan со списком всех статей - выбираете что вам надо и вставляете ссылку, и т.д. Написали статью - сгенерируйте список литературы: выбираете формат нужного вам журнала (их там куча) жмете на кнопку и получаете (на глазах) за минуту туже самую статью, но с литературой и ссылками в тексте оформленную по правилам выбранного вами журнала; в конце статьи генерируется список литературы тоже по правилам журнала. Есть две проблемы: 1) чтобы набивать в RefMan русские статьи набо подобрать шрифты (у меня-Avtotrutype); 2) Демо-версия дает 20 доступов к вашей базе и дальше глючит... Можно переставить RefMan и перекопировать базу... Есть и другие пути, но о них не совсем прилично писать официально...



    Андрей Быстритский:

    Леша, я на данный момент пользуюсь ProCite. Текущая версия - 5.0. www.procite.com. Преимущества: значительно менее глюкава, чем RM, есть прямой поиск из программы в PubMed и не только (причем поиск, что называется, advanced - роскошно). По поводу Reference Manager vs ProCite. Не хочу устраивать holy wars, но (речь о ProCite 5): все, сказанное выше про RefMan, относится и к PC, в то же время, последний не требует никакого шаманства с кириллицей (более того, умеет делать сортировку по правилам русского языка, да и не только русского); явно лучше работает, по моему и не только опыту; те самые "неприличные методы" ;-) с ProCite'ом куда проще, что в наших условиях немаловажно.

    Кстати, тут нашел одну очень интересную программу - Advanced Disk Catalog. Полезна тем, у кого много архивов на CD. Программа каталогизирует диски и хранит их оглавления в базе на жестком диске. Можно добавлять комментарии, разбивать на категории, создавать отчеты и т.п. Избавляет от необходимости постоянно перерывать гору дисков или держать кучу бумажек. Я очень доволен.



    Денис Ларкин:

    По моему, у молекулярного биолога на компьютере должны быть два коммерческих продукта Lasergene 99 и Vector NTI 6. Лично я работаю с ними и могу решать все молекулярные задачи. Конечно, Vector NTI самая крутая программа, хотя и достаточно специфическая. Например, Contig Express не всегда корректно объединяет фрагменты в контиги и т.д. Модульный характер Lasergene не слишком удобен в обращении, однако эта программа достаточно надежна при объединении контигов, создании рестрикционных карт, подбора праймеров, анализа и выявления разного типа мотивов и т.д. Хотя и она "не безгрешна". Хотелось бы видеть более гибкую работу с графическим представлением анализируемого материала (как в Vector NTI), больше возможностей при выборе праймеров (например G,C на 3' конце), лучшую работу с NCBI BLAST и GeneBank, да и правая клавиша мышки не зря придумана. В конце 2000 года или в начале 2001 должна выйти новая, переработанная версия Lasergene. Посмотрим.

    Из программ, способных проводить комплексный молекулярный анализ стоит упомянуть об OMIGA 2.0, которая, на мой взгляд - редкостный отстой. Во первых - потребляет неимоверно много ресурсов, чрезвычайно медленно делает анализ, и неудобно показывает результаты.

    Из узкоспециализированных программ мне нравится Primer Premier для создания ПЦР праймеров. В последней, 5-ой версии появилась возможность создавать консенсусные праймеры для серии близких последовательностей. Это очень удобно.

    При написании диссертации я использовал Вiblioscape 3.7 для создания списка литературы. Программа коммерческая, но не дорогая: $100. К тому же, в отличие от Endnote и Reference Manager, это развивающийся проект. В Biblioscape есть собственный браузер для закачки ссылок из Medline, огромный выбор форматов для списков литературы, возможность организовывать списки литературы по тематике в разные фолдеры, вставлять ссылки в текст несколькими способами и редактировать ссылки в тексте после создания списка литературы, что осложнено при работе с RM. Кроме того, имеется встроенный web сервер с помощью которого Вы можете делать свои библиографические базы доступными on-line с удобной системой поиска и возможностью контроля доступа со стороны удаленных пользователей.

    Ну а если правду, то под LINUX надо работать молекулярным биологам, чего я, к сожалению, не умею.

    Всего хорошего.



    Константин Муранов

    Специально для фотографирования гелей и прочего подходит камера Kodak MDS 120, к которой разработано специальное обеспечение, позволяющее изменять выдержку (десятки секунд).

    Для обсчета может быть применена программа Scion Image - PC аналог NIH Image for Macintosh. Можно скачать по адресу: http://www.scioncorp.com - бесплатно.



    Илья Серебрийский

    Искали программу для анализа отсканированных авторадиограмм и прочего? Есть чудная, бесплатная программа NIH Image (у меня версия для Макинтоша, но есть и для ПС).

    Очень рекомендую!



    Александр Принц

    Из reference managers я пробовал Reference Manager, EndNote, Biblioscape. Biblioscape хорош, если есть хорошая связь и большой винчестер, т.к. все в html. С Reference Manager 9 у меня тоже были большие проблемы с закачкой ссылок, хотя он вроде работает по протоколу Z39.50. А вот EndNote 4.0 в то же самое время скачивал все мигом. Недостатки, которые я заметил:

    1. нельзя задать поиск, который выражается сложным логическим выражением с использованием скобок, приходиться разбивать на несколько поисков (впрочем, как я понял это характерно для всех программ работающих по Z39.50);
    2. в списке литературы, у русскоязычных ссылок иногда появляются ЗагЛавные буквы в середине слова, приходится исправлять вручную;
    3. не очень удобный первоначальный формат ссылок, которые вставляешь в статью по ходу написания. Например, в отличие от Reference Manager нельзя использовать только ключевые слова для ссылки.


    Кирилл Кашкин

    Комментарии к перечню программ:

    1. В качестве "малого" редактора очень хорош Aditor, особенно для редактирования HTML. Он гораздо мощнее BRED'а, но, конечно, немножко больше.
    2. Для работы со сканированными автографами очень хороши программы фирмы Scanalytics, особенно GeneProfiler (во младенчестве RFLPScan). Фирма дает бесплатные демо-версии.
    3. Для работы с растровой графикой на слабых компьютерах больше подходит Corel Photopaint. Я с успехом использую на 486/16М версию 6, которая все великолепно делает с автографами (можно даже создавать их de novo), а никакой разумный Photoshop на такой машине работать не будет (вернее, можно запустить только совсем старый и слабенький).
    4. Постеры и заголовки у нас делают даже в ДОСовских версиях "Poster" - есть англ. и рус. версии. Я иногда пользуюсь MS Publisher - для заголовков великолепен.
    5. Незаменимая программа для медико- и прочих биологов - Statistica v.5.5. Российский сайт http://www.statsoft.ru. Там же в разделе "бесплатное ПО" есть отличный учебник по статистике на русском языке, который можно использовать он-лайн или скачать на свой компьютер.В отличие от последних SPSS, Statistica 5.1 идет на любом компьютере начиная с 386sx/win3.1 и кончая PIII/win2000.


    Дмитрий Купраш,
    http://lmi.webzone.ru

    Очень рекомендую в качестве почтового клиента использовать TheBat!. Прекрасная работа с кириллицей (в том числе поддержка писем, неправильно перекодированных "кривыми" серверами), отличный интерфейс для работы с несколькими ящиками одновременно, масса возможностей, программа маленькая, быстрая, надежная, обновления выходят раз в 1-2 месяца. Демо-версия работает 30 дней, регистрация стоит $35, в праздники дешевле. Есть на пиратских дисках, но часто попадается та самая демка, которую и самому можно скачать.

    Для тех, кто чуть постарше и еще помнит Norton Commander, гоячо рекомендую FAR. До боли знакомые комбинации клавиш + длинные имена, встроенный FTP клиент, работа с сетью и многое другое. Для граждан xUSSR регистрация бесплатная, надо только не полениться прочитать readme.

    Векторная графика - это не обязательно "Corel Draw". Почти все, на что хватает фантазии, можно рисовать в Microsoft PowerPoint. Естественно, Corel мощнее, но и грузится дольше.

    Точечная графика - не все знают про существование Microsoft Photo Editor. Программа идет в комплекте с Microsoft Office (в разделе Office Tools), но по умолчанию не ставится. Легкая, элементарная в освоении, грузится мгновенно. Для обрезания, подбора яркости/контраста, перевода в другой формат - прекрасный инструмент. Photoshop всем хорош, кроме времени загрузки.

    Очень рекомендую полную версию Acrobat (сейчас есть 4 версия). Позволяет создавать файлы практически из любой программы под Windows, заполнять формы, импортировать изображения, корректно работает с русским, полнотекстовый поиск т и.д.. Для создания документов, которые надо именно хранить/пересылать (а не редактировать) - потрясающая вещь. К тому же многие журналы именно в таком виде принимают статьи. Официально стоит довольно дорого, но можно найти у пиратов.

    Для рутинного анализа нуклеиновых кислот и белков мы пользуемся программой GeneRunner 3.0 Hustings Software (сейчас есть версия 3.05 и на сайте написано, что это дело бесплатное). Дистрибутив звнимает всего 2 дискеты. Есть проблемы с выводом результатов в файл, которые решаются при помощи описанного выше полного Adobe Acrobat.

    По поводу денситометрического анализа отсканированных автографов. В ИМБ купили фосфоимаджер Cyclone фирмы Packard Bell, к которому прилагалась программа OptiQuant - вполне рабочая штука. Ее официально можно устанавливать на неограниченное количество компьютеров. С выносом за пределы института все не так однозначно, но, как говорится, если у вас есть друзья... Никаких серийных номеров или кодов для установки программа не требует, подсоединенного к компьютеру инструмента - тоже, пониамет обыкновенный формат TIFF.

    Scion image - отстой, и программа, и карта захвата.

    Цена камеры складывается из размера матрицы и из электроники, позволяющей четко настроить баланс белого и другие параметры. Если это именно система фотодокументации, которая используется в том числе и для таких объектов, для которых важна передача цветов (например, гистологические образцы), то камера нужна дорогая, в $3000 не уложишься (про Scion смотри выше). Если же только для гелей - то дешевой камеры должно быть за глаза.

    Я пользуюсь "Reference Manager" с 4-й версии (сейчас работаю на 9, есть 9.5 или даже 10). В каждой версии были какие-то глюки, с которыми приходилось мириться. В 8.5 и 9 - это странная "привязка" текста с расставленными ссылками к конкретному компьютеру, причем похоже не на защиту от копирования, а именно на ошибку в программе. В остальном программа - просто супер! Версия 9 уже умеет качать прямо из PubMed, проблемы с форматом действительно есть, но легко решаются через соответствующее диалоговое окошко. Но глюки все-таки достают.

    Не могу удержаться от нескольких выстраданных общих советов:

    На компьютере не должно быть ничего лишнего. Всякие плееры, качалки, звонилки, утилиты, скрин сейверы замедляют работу системы (в лучшем случае), а их удаление всегда оставляет следы (хорошо, если не руины). Большинство пользователей об этом не догадываются, а в случае, когда пользователей у одного ПК несколько, последствия несанкционированных инсталляций могут быть самыми плачевными.

    Должен быть какой-то backup, не обязательно специализированная программа - достаточно примитивного копирования файлов на второй винчестер, сетевой сервер или CD-RW. Но это должно делаться! При нынешних ценах на носители информации работать без backup просто преступно.

    Я бы рекомендовал иметь Norton Utilities - в минимальной конфигурации, с отключением всех резидентных сервисов. Но Disk Doctor и Speed Disk - это классика, которая должна быть. Еще я люблю Win Doctor, правда, за ним надо следить и не давать ничего исправлять в автоматическом режиме, но больше половины всяких странных зависаний после лечения WinDoctor-ом исчезают.

    Наконец, в обязательном порядке - антивирус (вот она, биология! :))), причем с постоянно загруженной резидентной частью. Мой выбор - AVP Касперского или Нортон, оба показали себя с наилучшей стороны.



    andrei jadan

    В добавление к перичисленному списку софта на мой взгляд, необходимо добавить:

    1. ChemWindow (сейчас можно наковырять 6 версию) - лучшая из рисовалок химических формул и схем с хим уклоном(да и не только), понимает наиболее распространенную третью версию (к сожалению не наоборот). в пятой - долгожданная поддержка многооконности, настраиваемой панели инструментов;
    2. для тех кто занимается кинетикой - SIMFIT (free, куча моделей, проста, наиполнейшая статистика, к тому же выдает конечный вердикт;
    3. часто очень полезная штука - Grafula - (free, сейчас есть 3 версия) достаточно сообразительный дигитайзер, оцифровывает кривульки полученные со сканера, разбираеться в цветах, неплохо справляеться в автоматическом режиме. (гораздо лучше иметь табличку с цифрами, с которой можно делать что хочешь, а не bmp, or jpg (порой засморканый);
    4. Hyperchem - (сейчас есть 6 версия) кванровомеханические методы расчета свойств органический молекул - иногда полезно знать (хотябы приблизительно) как выглядит соединение, с которым работаешь, в пространстве, а не на бумаге, и кое что на молекулярном и атомарном уровне (правда надо немного представлять что делаешь).


    Александр Мишарин

    По поводу gel imaging system за небольшие деньги. Из российских адресов мне известна компания "Литех". "Литех" предлагает цифровую видеокамеру Samsusng, компьютерную плату к ней и программное обеспечение Gel Imaging и Gel Analysis. Очень даже полезная система, цена ~1200$.



    SashaSidorov

    Дополнение к компьютерному обеспечению (или альтернатива) - LabWorks 4.0 - всё для любых гелей, подсчёт колоний, etc. - возможностей много. В Москве официальный дилер - БиоХимМак (находятся в МГУ, подробный адрес - здесь, на сайте).




"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100