Практическая Молекулярная Биология - главная страница.
 > Методы > Экспрессия белков > Частота кодонов.

Частота встречаемости кодонов в различных организмах.

Для того, чтобы проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, можно воспользоваться интерактивной формой, имеющейся на сайте.

    Одна из проблем при экспрессии белков связана с редкими кодонами в кодирующей последовательности. В таблице приведены частоты встречаемости (на 1000) кодонов в генах различных организмов. Если бы распределение было равномерным, то частота для всех кодонов была бы в районе 16.4.

    Представленные данные взяты из "Codon-Usage Database" содержащей 392,382 полных кодирующих последовательностей (CDS's) для 11,713 организмов. Об этой базе данных можно прочитать в статье "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases: status for the year 2000". Nakamura, Y., Gojobori, T. and Ikemura, T. (2000) Nucl. Acids Res. 28, 292.

    О влиянии редких кодонов на экспрессию белков можно почитать в обзоре: "Effects of rare codon clusters on high-level expression of heterologous proteins in Escherichia coli" [Review article] James F Kane Current Opinion in Biotechnology 1995, 6:494-500.



    HUM Homo sapiens
    MUS Mus musculus
    DRO Drosophila melanogaster
    ATH Arabidopsis thaliana
    YSC Saccharomyces cerevisiae
    ECO Escherichia coli

    Амино-
    кислота
    КодонОрганизм
    HUMMUSDROATHYSCECO
    ArgCGA6.36.78.56.33.03.5
    CGC10.810.117.93.72.620.6
    CGG11.610.58.34.81.75.4
    CGU4.64.78.78.86.520.6
    AGA11.511.45.119.021.32.8
    AGG11.311.66.410.99.31.7
    LeuCUA7.07.58.310.113.44.0
    CUC19.319.613.915.75.410.3
    CUG39.739.338.710.010.450.4
    CUU12.812.39.124.212.211.2
    UUA7.36.04.313.226.413.9
    UUG12.512.516.221.327.113.1
    SerUCA11.911.27.618.318.88.1
    UCC17.518.119.610.914.29.1
    UCG4.54.516.69.08.68.6
    UCU14.815.46.825.023.69.9
    AGC19.320.020.411.29.715.3
    AGU12.012.211.514.314.29.2
    ThrACA14.915.610.715.917.78.2
    ACC19.319.621.410.112.622.8
    ACG6.36.114.47.68.013.8
    ACU12.913.29.517.620.210.0
    ProCCA16.717.313.516.118.28.6
    CCC20.019.117.95.26.85.1
    CCG7.06.816.08.25.322.0
    CCU17.318.76.918.313.67.2
    AlaGCA15.915.512.817.416.221.0
    GCC28.326.733.610.012.624.5
    GCG7.57.114.08.66.131.8
    GCU18.519.714.527.521.116.8
    GlyGGA16.417.317.823.510.98.7
    GGC22.722.926.68.99.728.4
    GGG16.415.94.710.16.011.0
    GGU10.811.713.321.723.925.9
    ValGUA7.06.96.310.211.811.4
    GUC14.615.613.912.511.614.6
    GUG28.829.028.117.310.725.2
    GUU10.910.110.927.222.019.6
    LysAAA24.021.316.531.342.134.8
    AAG32.634.639.532.530.811.5
    AsnAAC19.821.526.120.724.921.8
    AAU17.015.520.823.136.019.2
    GlnCAA12.011.615.619.727.514.7
    CAG34.534.536.815.012.228.6
    HisCAC14.915.316.28.67.89.6
    CAU10.59.910.614.113.712.6
    GluGAA29.126.920.935.045.939.7
    GAG40.240.343.032.119.118.2
    AspGAC26.127.524.717.120.319.5
    GAU22.421.427.637.237.832.6
    TyrUAC15.816.818.413.514.712.3
    UAU12.111.810.715.218.816.9
    CysUGC12.312.613.37.24.76.2
    UGU10.010.95.310.98.05.1
    PheUUC20.521.621.820.318.216.4
    UUU17.016.013.122.726.021.9
    IleAUA7.26.69.313.117.85.6
    AUC21.622.923.018.317.124.4
    AUU15.814.616.522.130.230.1
    MetAUG22.322.223.524.420.926.8
    TrpUGG12.912.99.912.610.313.9
    TerUAA (ochre)0.70.60.80.91.02.0
    UAG (amber)0.50.50.60.50.50.2
    UGA (opal)1.31.10.51.00.60.9
    Количество CDS's271431148419565336611164410136
    Количество кодонов128169235545064102818921464731556241713178987

"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100