Практическая Молекулярная Биология - главная страница.
 > Методы > Олигонуклеотиды > Общие вопросы.

Олигонуклеотиды.

    Смотри также:
  • Oligo Analyzer 2.5 - онлайн анализ свойств олигонуклеотидов (в том числе и с модифицированными основаниями) - молекулярный вес, коэффициент экстинкции, шпильки, димеры и т.п. на сайте Integrated DNA Technologies.
  • На том же сайте, в разделе Technical Bulletins много полезной информации о свойствах и использовании олигонуклеотидов.

    Растворение лиофилизированного стока.

  1. ЦФ ~3';
  2. добавить H2O, хорошо смешать;
  3. дать постоять NT 5-10';
  4. снова смешать;
  5. измерить концентрацию;
  6. отлить небольшую "рабочую" аликвоту в подписанную пробирку;
  7. если праймер потребуется в работе скоро, то развести небольшое количество(!) до "рабочей концентрации" в подписанной пробирке;
  8. всё заморозить на -20oС.
  9. Хранение.

    Способ хранения.Допустимое время хранения.
    Лиофилизированные, 4oС,-20oСпрактически неограниченное время
    Раствор (500-100pmol/ µl),-20oСнесколько лет
    Раствор (500-100pmol/ µl), +4oСнесколько недель
    Раствор (~10pmol/ µl),-20oС~ до года
    Раствор (~10pmol/ µl), +4oСнесколько недель

    Молекулярный вес.

    Mw (g/mol) = [dAx312.2 + dCx288.2 + dGx328.2 + dTx303.2]

    + [ (MW контериона) x N]
    + [17 + (2xMW контериона) для фосфорилированного]
    + [-61- (MW контериона) для дефосфорилированного]

    Mw(Na+) => 23.0
    Mw(K+) => 39.1
    Mw(Triethylammonium+) => 102.2
    дефософолированный олигонуклеотид => -61,
    фософолированный => +17.

    Измерение концентрации олигонуклеотидов.

    смотри "Спектрофотометрическое измерение концентрации...".
    Приближенная формула Mw ~ 324.5[Da]xN , где N-длина олигонуклеотида.



    Комментарии.

    Общие.

  • Праймеры лучше разводить на свежей mQ.
  • Иногда при длительном хранении на +4oС (или после большого количества замораживаний-оттаиваний) праймер "портится" - PCR с его участием даёт очень низкий выход. Мы не знаем, что при этом происходит, но проблема вполне решается 3' кипячением и резким охлаждением.
  • По пунктам.

    п. 1.

  • Нужно провести "хорошее" центрифугирование, так как лёгкий лиофилизат весьма плохо садится на дно пробирки.
  • п. 5.

  • Неправильное количество олигонуклеотида, указанное производителем, скорее не исключение, а правило. Мы рекомендуем пренебрегать измерением концентрации лишь если вы постоянно работаете с этим производителем и успели убедиться в его надёжности.

"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100