Практическая Молекулярная Биология - главная страница.
 > Справочник > Параметры живых организмов (ДНК, РНК, белок).

Свойства и состав живых организмов.


    Внутри/внеклеточная среда.

    Размер клеток:

    1-10 µm (прокариоты),
    10-120 µm (эукариоты)

    pH=7.4

     Внутри:Снаружи:
    Na+5-15mM145mM
    K+140mM5mM
    Mg2+30mM1-2mM
    Ca2+1-2mM, но <10-7 свободного2.5-5mM
    Cl-4mM110mM
    H2O70%w/w 
    Белки, нуклеиновые кислоты, полисахариды22%w/w 
    Сахара3%w/w 
    Липиды2%w/w 
    АА (мономеры)0.4%w/w 
    Нуклеотиды (мономеры)0.4%w/w 

    Бактериальная клетка содержит.

     на 1 клеткуна 1L (109cells/ml)
    геномная DNA17fg 
    RNA100fg 
    белок0.16pg (~140 µg/ml)0.15g
    сухой вес0.28pg0.28g
    влажный вес0.95pg0.95g
    объём1.2fL 

    Теоретически возможный выход рекомбинантного белка из 1L культуры (109cells/ml).

    % от тотального белкаВыход (mg/L)
    0.10.15
    2.03
    50.075

    Средняя человеческая клетка.

    DNA ~6pg/cell (30-60 µg/ml крови)кодирующая часть      ~3%     
    число генов0.5-1.0х105
    число активных генов1.5х104
    относительное содержание DNA/RNA в ядре ~2/1
    RNA (total) ~10-50pg/cell (1-5 µg/ml крови)rRNA80-85%
    tRNA, snRNA and low mol. wt. RNA15-20%
    nuclear RNA~14%
    mRNA1-5%
     
    число mRNA молекул 0.2-1.0х106число различных типов mRNA1.0-3.4х104
    низкокопийная mRNA
    (5-15 копий на клетку)/ <0.004% от total RNA
    ~11.000
    среднекопийная mRNA
    (200-400 копий на клетку)/ <0.1% от total RNA
    ~500
    высококопийная mRNA
    (~12,000 копий на клетку)/ 3% от total RNA
    <10

    Длительность клеточного цикла.

    Фаза:Что происходит:Длительность [h]:
    G1gap 11-9
    Sсинтез DNA5-9
    G2gap 23-4
    Mмитоз0.075 (4.5')

    Длительность клеточного цикла для различных типов клеток.

    Вид:Тип клеток:Длительность [h]:
    HumanW1-3824.5
     diploid fetal lung fibroblasts19.5
     HeLa S321
    Mouse3T319
     L cells23

    Размер гаплоидого генома и количество молекул (копий уникального гена) в 1 µg.

    "Организм"Размер генома.В 1 µg содержится:
    (bp)(Da)(mol)(молекул)1kbp фрагмента
    20mer oligo206.5x103152pmol9.2x1013 
    1kb dsDNA10006.5x1051.52pmol9.2x1011
    средняя mRNA19306.6x1051.52pmol9.2x1011
    pUC1926861.7x1060.59pmol3.5x1011
    pSK29611.9x1060.53pmol3.2x1011
    SV405,2433.4x1060.29pmol1.8x1011
    ФХ1745,3863.5x1060.29pmol1.7x1011
    Adenovirus 235,9782.3x10743fmol2.6x101028ng
    Бактериофаг лямбда48,5023.2x10731fmol1.9x101020ng
          
    Escherichia coli4.7x1063.1x1090.32fmol1.9x108210pg
    Saccharomyces cerevisiae1.5x1079.8x1090.10fmol6.2x10765pg
    Dictyostelium discoideum5.4x1073.5x101029amol1.7x10718pg
    Arabidopsis thaliana7.0x1074.6x101022amol1.3x10714pg
    Caenorhabditis elegans8.0x1075.2x101019amol1.2x10712pg
    Drosophila melanogaster1.4x1089.1x101011amol6.6x1067.1pg
    Gallus domesticus (курица)1.2x1097.8x10111.28amol7.7x1050.83pg
    Mus musculus2.7x1091.8x10120.56amol3.4x1050.37pg
    Ratus norvigeticus3.0x1092.0x10120.50amol3.0x1050.33pg
    Xenopus leavis3.1x1092.0x10120.50amol3.0x1050.33pg
    Homo sapiens3.3x1092.1x10120.48amol2.9x1050.31pg
    Zea mays3.9x1092.5x10120.40amol2.4x1050.26pg
    Nicotiana tabacum4.8x1093.1x10120.32amol1.9x1050.21pg

    Геном дрозофилы.

    Оценка размера генома по кинетике регибридизации: 1.3x108bp (8.5x1010Da).
    Размер отдельных хромосом:

    Хромосома.x108bpx1010Da
    Х0.42.6
    20.64
    30.74.3
    40.060.4

    Состав генома:

    GC содержание ~43%;
    p=1.701 в нейтральном CsCl;
    Tm (в 1хSSC)=85.6oC;
    Не наблюдается дефицита CpG дуплетов; <1MeA/10kbp, <1MeC/10kbp.

    RNA.

    Размер RNA.

    Средний размер mRNA = 1.9kb (6.6x105Da)
    tRNA = 75b (2.6x104Da)
    5S rRNA = 0.1kb (4.1x104Da)
    16S rRNA (E.coli) = 1541b (5.2x105Da)
    23S rRNA (E.coli) = 2904b (9.9x105Da)
    Время полураспада молекулы mRNA: для примерно половины всех молекул T1/2~6h, но многие <10'.

    Частоты встречаемости (на 1000) кодонов в генах различных организмов приведены в таблице. Для того, чтобы проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, можно воспользоваться интерактивной формой, имеющейся на сайте.

    Размер 18S и 28S RNA.

    Организм.18S rRNA28S rRNA

    Human

    1868b / 6.4x105Da5025b / 1.7x106Da

    Rabbit

    2366b / 8.0x105Da6333b / 2.2x106Da

    Rat

    1874b / 6.4x105Da4718b / 1.6x106Da

    Mouse

    1869b / 6.4x105Da4712b / 1.6x106Da

    Drosophla*

    1976b / 6.7x105Da3898b / 1.3x106Da

    * - 28S RNA дрозофилы разваливается приблизительно пополам, если при выделении температура поднимается >65oC. На форезе эти половинки сливаются с 18S RNA, так что видно только одну "рибосомную” полосу.


    Сплайсинг у D. melanogaster.

    5’.....A/CAG GTA/GAGTA/T.....A/TCTAATC/T.....(T)5(T/C)3TTXCAGA/GT.....3’

    бранчпоинт

    Средняя длина интронов 79bp.


"Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.edu.ru
e-mail: pmb@molbiol.edu.ru


Rambler's Top100